Релефът е преобладаващо планински. На запад се намират Динарските планини на територията на Словения, Хърватия, Босна и Херцеговина, Сърбия, Черна Гора, и Албания. На юг от Далмация се намира Пинд на територията на Албания, Гърция и Северна Македония. Най-високата точка на полуострова е връх Мусала (2925 m) в Рила, България. Балканските планини граничат на север с Дунавската равнина. Равнините и низините са разположени основно в краищата на полуострови и в междупланинските котловини. От геоложка гледна точка, Балканския полуостров е продукт на Алпийската орогенеза. През докамбрий са образувани три древни масива: Пелагонийски, Родопски и Сърбо-македонски.